Eine andere Tatsache, die die Evolutionisten in große Verlegenheit über die kambrische Explosion bringt, sind Vergleiche zwischen den verschiedenen Taxa (Taxa = künstlich abgegrenzte Gruppe von Lebewesen z.B. Stamm oder Art, als Einheit innerhalb der biologischen Systematik). Die Ergebnisse dieser Vergleiche zeigen, dass bestimmte Taxa, die von Evolutionisten noch bis vor kurzem als "eng verwandt" angesehen wurden, in Wahrheit genetisch sehr verschieden sind, was die Übergangsformen-Hypothese noch dubioser erscheinen lässt. Ein Artikel, der im Tätigkeitsbericht der nationalen Akademie der Wissenschaften (Proceedings of the National Academy of Sciences) der USA des Jahres 2000 veröffentlicht wurde, berichtet, dass jüngste DNS Analysen zur Neuanordnung bestimmter Taxa führten, die in der Vergangenheit als "Übergangsformen" angesehen worden waren:

DNA-Sequenzanalysen zwingen zur Neuinterpretation von Stammbäumen. Taxa von denen man geglaubt hatte, sie repräsentierten den graduellen Anstieg der Komplexität, ausgehend von der Basis des Baumes der Metazoen (Mehrzeller), mussten an viel höhere Positionen innerhalb des Baumes verschoben werden. Dies lässt keinen Raum für Zwischenformen und zwingt uns, das Entstehen der fortschreitenden Komplexität der Bilateria (Bilateria=bilateral-symmetrisch gebaute vielzellige Tiere mit zentralem Nervensystem) zu überdenken.67

In demselben Artikel bemerken die evolutionistischen Autoren, dass einige Taxa, die als Übergangsformen zwischen Gruppen wie Schwämmen und Coelenteria (Korallen, Seeanemonen und Quallen) galten, wegen der neuen Erkenntnisse der Genetik nicht mehr als solche angesehen werden können. Die Autoren sagen weiterhin, dass sie die Hoffnung aufgegeben hätten, solche Familienstammbäume herleiten zu können:

Die neue molekularbasierende Phylogenie birgt mehrere wichtige Implikationen. Die bedeutendsten unter ihnen sind das Verschwinden der "Zwischenformen" zwischen den Schwämmen und den Coelenteria und dem letzten gemeinsamen Vorfahren der Bilateria oder der "Urbilateria". Eine Folge davon ist, dass wir nun eine große Lücke haben in dem Teil des Stammbaums, der zu den Urbilateria führt. Wir haben die Hoffnung aufgegeben, die Morphologie der Vorfahren der Coelenteria in einem Szenario rekonstruieren zu können, dass auf sich graduell steigernder Komplexität der Anatomie ausgestorbener, "primitiver" Vorfahren beruht, eine allgemein übliche Hoffnung im früheren Entwicklungsdenken.68

67 "The New Animal Phylogeny: Reliability And Implications", Proc. of Nat. Aca. of Sci., 25. April 2000, Band 97, Nr. 9, S. 4453-4456.
68 "The New Animal Phylogeny: Reliability And Implications, Proc. of Nat. Aca. of Sci., 25. April 2000, Band 97, Nr. 9, S. 4453-4456.