Die Zahl der Probleme, die die Evolutionstheorie bei der Entstehung eines einzigen Proteins nicht erklären kann, ist weitaus größer als die, die wir bisher erörtert haben. Nicht genug, dass die Aminosäuren in korrekter Zahl, Reihenfolge und Struktur im Raum angeordnet sein müssen, zur Proteinbildung ist es darüber hinaus erforderlich, dass die Aminosäuremoleküle mit mehr als einem Bindungsarm in ganz bestimmter Weise miteinander verbunden sind. Eine solche Verbindung wird "Peptidbindung" genannt. Aminosäuren können verschiedenartige Bindungen miteinander eingehen, doch Proteine bestehen ausschließlich aus durch Peptidbindungen miteinander verbundenen Aminosäuren.

Ein Vergleich kann dies erklären. Angenommen, ein Auto ist in all seinen Teilen korrekt und komplett zusammengebaut, mit Ausnahme eines Rades, dass anstelle von Radbolzen und Schraubenmuttern mit einem Stück Draht befestigt ist und zwar dergestalt, dass das Rad horizontal anstatt senkrecht zur Straßenoberfläche steht. Dieses Auto könnte nicht die kürzeste Distanz zurücklegen, egal wie kompliziert seine Technik oder wie stark sein Motor wäre. Auf den ersten Blick schiene alles am richtigen Platz und in Ordnung zu sein, doch die fehlerhafte Befestigung nur eines einzigen Rades machte das gesamte Fahrzeug nutzlos. So würde auch nur eine einzige andere als eine Peptidverbindung unter den Aminosäuren eines Proteins das gesamte Proteinmolekül unbrauchbar machen.

Forschungen haben gezeigt, dass sich zufällig verbindende Aminosäuren nur in 50 Prozent aller Fälle durch Peptidbindungen verbinden und dass es bei den anderen 50 Prozent zu Bindungsarten kommt, die in Proteinen nicht vorhanden sein dürfen. Weiterhin müssen alle beteiligten Aminosäuren linksdrehend sein.

Die Wahrscheinlichkeit, dass diese Kombination eintritt, ist bei einem Protein mit 400 Aminosäuren 1 zu 10 hoch 120.