Wie wir zu Beginn gezeigt haben, ist das größte Problem der Theorie der Evolution durch natürliche Selektion, dass sie keine neuen Organe oder Eigenschaften von Lebewesen hervorbringen kann. Natürliche Selektion kann die genetischen Daten einer Art nicht weiterentwickeln; deswegen kann sie auch nicht herangezogen werden, um das Auftauchen einer neuen Art zu erklären. Stephen Jay Gould, der größte Verfechter der Theorie des unterbrochenen Gleichgewichts, bezieht sich auf diese Ausweglosigkeit der natürlichen Selektion wenn er schreibt:

Das Wesentliche des Darwinismus liegt in einem einzigen Satz: Natürliche Selektion ist die schöpferische Kraft evolutionärer Veränderung. Niemand bestreitet, dass Selektion die zentrale Rolle spielt bei der Eliminierung der Ungeeigneten. Die Darwin'schen Theorien erfordern aber, dass sie auch die Geeigneten kreiert.17

Eine andere irreführende Verfahrensweise der Evolutionisten beim Thema natürliche Selektion ist ihre Bemühung, diesen Mechanismus als intelligenten Planer darzustellen. Doch natürliche Selektion verfügt nicht über Intelligenz. Sie besitzt keinen Willen, der entscheiden könnte, was für Lebewesen gut oder schlecht ist. Deswegen kann sie auch keine biologischen Systeme und Organe erklären, die die Eigenschaft der "nicht reduzierbaren Komplexität" besitzen. Solche Systeme und Organe bestehen aus einer Vielzahl von Elementen, die zusammenarbeiten und wären nutzlos, wenn auch nur ein einziges dieser Elemente fehlen würde oder schadhaft wäre. (Zum Beispiel funktioniert das menschliche Auge nicht, wenn nicht alle seine Komponenten intakt sind.)

Deswegen müsste dieser Wille, der all diese Teile zusammenbringt, die Zukunft vorhersehen können, und er müsste direkt auf den Vorteil hinarbeiten, der im Endstadium erworben sein sollte. Da natürliche Selektion kein Bewusstsein oder einen Willen hat, kann sie so etwas nicht tun. Über diese Tatsache, die die Grundlage der Evolutionstheorie zerstört, war auch Darwin besorgt, der darüber schrieb: "Wenn gezeigt werden könnte, dass irgendein komplexes Organ existiert, dass nicht aus zahlreichen aufeinanderfolgenden, leichten Modifikationen entstanden ist, würde meine Theorie vollständig zusammenbrechen.."18

17 Stephen Jay Gould, "The Return of Hopeful Monster", Natural History, Band 86, Juni-Juli 1977, S. 28.
18 Charles Darwin, The Origin of Species: A Facsimile of the First Edition, Harvard University Press, 1964, S. 189.(Hervorhebung wurde hinzugefügt).