In seinem Buch Darwins Black Box (Darwins schwarzer Kasten) führt Michael Behe aus, dass die Struktur der lebenden Zelle und anderer biochemischer Systeme für Darwin und seine Zeitgenossen unbekannte "Black Boxes" gewesen sind. Darwin nahm an, diese besäßen einfache Strukturen und könnten zufällig entstanden sein. Die moderne Biochemie hat die schwarzen Kästen nun geöffnet und die irreduzibel komplexe Struktur des Lebens enthüllt. Behe schreibt, aufgrund des damaligen Standes der Wissenschaft seien Darwins Überlegungen zur Entstehung des Auges überzeugend erschienen:

Darwin überzeugte viele davon, ein modernes Auge könne sich schrittweise aus einer simpleren Struktur entwickelt haben, doch er versuchte nicht einmal, zu erklären, wo er seinen Ausgangspunkt - den relativ einfachen lichtempfindlichen Fleck - her hatte. Im Gegenteil, er tat die Frage nach dem elementaren Ursprung des Auges ab... Er hatte einen ausgezeichneten Grund, die Frage zu verweigern: Ihre Beantwortung lag vollständig jenseits der Möglichkeiten der Wissenschaft des 19. Jahrhunderts. Wie das Auge funktioniert - was also geschieht, wenn ein Photon auf die Retina trifft - konnte zu jener Zeit schlicht nicht beantwortet werden.353

Wie also arbeitet dieses für Darwin vermeintlich simple System wirklich? Wie nehmen die Zellen in der retinalen Schicht des Auges die auf sie einfallenden Lichtstrahlen wahr?

Die Antwort ist kompliziert. Wenn Photonen auf die Retinazellen treffen, lösen sie eine Kettenreaktion aus, einen Dominoeffekt. Der erste der Dominosteine ist das 11-cis-Retinal Molekül, das auf die Photonen reagiert. Wenn es von einem Photon getroffen wird, ändert das Molekül seine Form und in der Folge auch die Form eines Proteins namens Rodopsin, mit dem es fest verbunden ist. Dadurch bindet sich das Rodopsin an ein weiteres zellresidentes Protein, das Transdusin.

Bevor es die Transdusinbindung eingeht, ist das Rodopsin an ein GDP Molekül gebunden. Beim Eingehen der Verbindung mit Rodopsin gibt das Transdusin das GDP Molekül frei und bindet sich an ein GTP Molekül. Der neu entstandene Molekülkomplex aus den beiden Proteinen Rodopsin und Transdusin sowie dem GTP Molekül wird "GTP-Transdusin-Rodopsin" genannt.

Doch der Prozess hat gerade erst begonnen. Der neue GTP-Transdusin-Rodopsin Komplex bindet sich nun schnell an ein weiteres zellresidentes Protein, "Phosphodiesterase" genannt. Das Phosphodiesterase Protein löst nun ein so genanntes cGMP Molekül aus der Zelle heraus. Da dieser Vorgang in Millionen Proteinen der Zelle gleichzeitig stattfindet, kommt es zu einem plötzlichen Absinken der cGMP Konzentration in der Zelle.

Was hat all das nun mit der Sehfähigkeit zu tun? Das letzte Element der beschriebenen Kettenreaktion liefert die Antwort. Das Absinken der cGMP Menge beeinflusst die Ionen-Kanäle der Zelle. Der Ionenkanal ist eine Struktur, die aus Proteinen besteht, die die Zahl der Sodiumionen in einer Zelle regulieren. Unter normalen Umständen lässt der Ionenkanal Sodiumionen in die Zelle fließen, wenn ein anderes Molekül entsprechend überschüssige Sodiumionen freisetzt. Dies führt zu einer Unausgewogenheit der Aufladung der Zellmembran, die nun die mit dieser Zelle verbundenen Nervenzellen stimuliert, was am Ende etwas entstehen lässt, das wir als "elektrischen Impuls" bezeichnen. Nerven übertragen diese Impulse an das Gehirn, in dem der eigentliche Sehvorgang stattfindet.354

Kurz, ein einziges Photon trifft auf eine Zelle und durch eine ganze Serie von Kettenreaktionen produziert die Zelle einen elektrischen Impuls. Die Intensität dieses Reizes hängt ab von der Energie des Photons, in diesem Fall der Helligkeit des Lichts. Faszinierend ist auch, dass der gesamte beschriebene Prozess in weniger als einer tausendstel Sekunde stattfindet. Sobald die Kettenreaktion abgelaufen ist, bringen andere spezialisierte Proteine innerhalb der Zelle die beteiligten Elemente wie das 11-cis-Retinal, Rodopsin und Transdusin wieder in ihren Originalzustand. Das Auge ist einem permanenten Photonenschauer ausgesetzt und jedes einzelne Photon löst die beschriebene Kettenreaktion aus, deren Vielzahl uns unsere Umwelt optisch wahrnehmen lässt.

Der gesamte Prozess des Sehens ist tatsächlich noch viel komplizierter, als es die hier gegebene grobe Beschreibung vermuten lässt. Doch bereits dieser kurze Überblick genügt, die außergewöhnliche Natur des Systems zu demonstrieren. Es existiert ein so kompliziertes fein austariertes Design innerhalb des Auges, dass es sinnlos ist, zu behaupten, ein derartiges System könnte per Zufall entstanden sein. Es besitzt eine irreduzibel komplexe Struktur. Würde nur ein einziges der zum Ablauf der Kettenreaktion notwendigen Teile fehlen oder nicht die entsprechenden Eigenschaften besitzen, könnte das System auf keinen Fall funktionieren.

Es ist klar, dass dieses System Darwins Erklärung des Lebens mit dem Zufall einen schweren Schlag versetzt. Michael Behe schreibt über die Biochemie des Auges und über die Evolutionstheorie:

Nun da die Black Box des Sehens geöffnet ist, reicht eine evolutionistische Erklärung, die nur auf die anatomischen Strukturen der Augen eingeht, nicht mehr aus, wie Darwin es im 19. Jahrhundert tat und wie es populistische Vertreter der Evolutionstheorie noch heute tun. Jeder Schritt der Anatomie und der Strukturen, die Darwin für so simpel gehalten hatte, bezieht immer kompliziertere biochemische Prozesse ein, die nicht mit rhetorischer Kosmetik verdeckt werden können.355

Die irreduzibel komplexe Struktur des Auges widerlegt nicht nur definitiv die darwinistische Theorie, sondern zeigt auch, dass das Leben mit einem überlegenen Design erschaffen wurde.

353 Michael J. Behe, Darwin's Black Box, The Free Press, New York, 1996, S. 18.
354 Michael J. Behe, Darwin's Black Box, The Free Press, New York, 1996, S. 18-21.
355 Michael J. Behe, Darwin's Black Box, The Free Press, New York, 1996, S. 22. (Hervorhebung wurde hinzugefügt)