Die Evolutionstheorie des intermittierenden Gleichgewichts besagt nach ihrem heutigen Stand, dass Populationen über lange Zeiträume keine Veränderungen aufweisen, sondern sich in einer Art Gleichgewicht befinden. Entsprechend dieser Auffassung finden evolutionäre Veränderungen in kleinen Zeitrahmen statt und nur bei einem kleinen Teil der Population, dass heißt, die Periode des Gleichgewichts wird kurzzeitig unterbrochen, mit anderen Worten, das Gleichgewicht "intermittiert". Weil der betroffene Teil der Population sehr klein ist, wählt die natürliche Selektion große Mutationen aus und ermöglicht dergestalt das Erscheinen einer neuen Art.

Nach dieser Theorie lebt zum Beispiel eine Reptilienart Millionen Jahre lang, ohne sich zu verändern. Doch plötzlich erfolgt irgendwie bei einem kleinen Teil dieser Art eine ganze Serie großer Mutationen, deren Ursache uns nicht verraten wird. Diese Mutationen - die vorteilhaft sind - greifen in der kleinen betroffenen Gruppe schnell um sich. Die Gruppe entwickelt sich sehr schnell und verwandelt sich nach kurzer Zeit in eine andere Reptilienart, oder sogar in ein Säugetier. Da der Prozess sehr schnell und nur bei einem geringen Anteil der Population vonstatten geht, blieben nur ganz wenige oder gar keine Fossilien der Übergangsformen zurück.

Die Theorie war eigentlich vorgeschlagen worden, um eine Antwort zu geben auf die Frage, "Wie kann eine bestimmte Periode der Evolution so schnell vorübergehen, dass keine Fossilien zurückbleiben?" Zwei Hypothesen werden für die Antwort vorausgesetzt:

1. Makromutationen sind vorteilhaft und erzeugen neue genetische Informationen.

2. Kleine Populationen verfügen über ein größeres Potential für genetische Veränderungen.

Beide Hypothesen kollidieren jedoch mit dem wissenschaftlichen Kenntnisstand.